Система управления, автоматики и контроля (СУАК) является тем элементом, который определяет уровень технологичности всего комплекса «чистых помещений». Значение ее трудно переоценить. Именно она зачастую определяет, чем на самом деле является построенный комплекс: впечатляюще красивой, но неработоспособной игрушкой, предназначенной для разового торжественного включения при сдаче под одобрительные улыбки и аплодисменты высокой публики, либо той рабочей лошадкой, которая на протяжении многих лет будет помогать людям в белых халатах сохранять чьи-то жизни.

К сожалению, глубину проработки данной системы нельзя проверить ни при анализе проекта, ни после монтажа, ни даже после дня, недели, месяца работы комплекса. Профессионализм разработчиков и уровень технологичности примененной СУАК можно оценить только после стабильной работы комплекса в течение, как минимум, всех четырех климатических сезонов, оценив при этом, как система отработала температурные перепады, как отследила загрязненность фильтров, каким образом проинформировала об этом обслуживающий персонал (если он, конечно, наличествует и не относится к этому делу наплевательски), как отреагировала на такую неприятную реальность российского энергоснабжения — резкие скачки напряжения, или давления теплоносителя. И многие, многие другие ситуации, которые возможно предотвратить или минимизировать только долговременным опытом разработчиков комплекса, набив при этом собственные шишки, но никак не стандартными функциями огромного множества т.н. готовых к употреблению управляющих систем, в изобилии представленных на рынке.

СУАК в нашем представлении должна качественно выполнять следующие функции:
- Поддержание заданных значений объёма подачи воздуха в помещения из системы притока вне зависимости от степени загрязненности
- Поддержание заданного объёма воздуха удаляемого из помещений в систему вытяжной вентиляции и его коррекция при
- Поддержание заданной температуры подаваемого в чистые помещения воздуха.
- Контроль засорённости фильтров.
- Защита теплообменников замерзания
- Защита секций электронагрева от повышения
- Контроль работоспособности вентиляции
- Вывод сообщений в текстовой форме о состоянии системы на дисплей ПУ 
- Автоматическую остановку ЦПУ при возникновении аварийной
- Автоматическую остановку ЦПУ по внешней команде от пожарной сигнализации здания
- Включение/выключение и задание параметров воздушной среды с ПУ.

В состав входят:
- Шкафы силовые (ШСПВ) центральных приточных установок (включая управление вытяжной системой);
- Шкафы управления (ШУПВ) центральных приточных установок;
- Выносные пульты управления (ПУ) центральных приточных установок;
- Комплект исполнительных механизмов (электроприводы воздушных заслонок, кранов систем отопления и        охлаждения);
- Комплект датчиков измерения параметров воздушной
- Комплект датчиков состояния элементов приточной и вытяжной
- Комплект кабельных соединений (силовые кабели подключения вентиляторных блоков ЦПУ, секций      электронагрева ЦПУ и сигнальные кабели исполнительных механизмов, датчиков и сигнализаторов);
- Программное обеспечение.

Применение позволяет:
поддерживать заданный объём подаваемого в помещение воздуха вне зависимости от степени засорённости фильтроэлементоильтромодулей, и поддерживать стабильный ламинарный поток над операционным столом
в случае недостатка объёма подаваемого в помещение воздуха из системы притока оповестить персонал и автоматически уменьшить объём воздуха, удаляемого из помещения через систему вытяжной вентиляции. Это позволит поддержать в помещении избыточное давление и препятствовать проникновению воздуха, имеющего не достаточную степень очистки, из смежных помещений;
в случае засорения фильтроэлементальтромодуля и срабатывания датчика оповестить персонал звуковым сигналом и указывает на ПУ, какой из фильтроэлементов засорён;

Применение в панели управления на основе ёмкостного ЖКИ позволяет сочетать высокую информативность системы и простоту управления. Низкое напряжение питания панели (24в постоянного тока) исключает опасность поражения персонала электрическим током высокого напряжения.

Как видно из описания, логика работы системы управления предполагает наличие обратной связи, т.е. система должна уметь реагировать на изменение контролируемых параметров и восстанавливать их в автоматическом режиме. Это очень важный фактор в условиях низкой инженерной грамотности медицинского персонала. Не во всех ЛПУ даже имеются должности главных инженеров или техников, а те, кто имеются, боятся подходить к пультам и производить какие-то действия с системой. Но именно автоматическое поддержание параметров работы различных систем с дружелюбным интерфейсом пульта управления позволяет эксплуатировать высокотехнологичное оборудование «чистых помещений» с минимальным вмешательством медицинского персонала, а также значительно упростить вопросы технического обслуживания комплекса.